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そもそも税務調査とは、納税者が行った税金の計算が適正かどうかを国が確認するために行われるものです。
国税庁のHPでは
(1) 調査等件数及び申告漏れ等の非違があった件数の状況
(2) 申告漏れ所得金額の状況
(3) 追徴税額の状況
について記載しております。
http://www.nta.go.jp/kohyo/press/press/2010/shotoku_shohi/index.htm
なお事業所得を有する者の1件当たりの申告漏れ所得金額が高額な上位10業種についても掲載しています。
(1) 強制調査、(2)任意調査とがあります。
(1)強制調査とは
調査対象者の意思に関係なく実施される調査で調査対象者は、強制調査を拒むことができず、税務署はその場で差し押さえを行い占有することもできます。
(2)任意調査とは
法律上、税法で規定されている、質問検査権に基づき、調査対象者の同意を得て行われる調査をいいます。
黒字決算企業の場合、一般的には 3 年~5年に一度程度のサイクルで行われるようです。しかし、税務 署の人員も限られているため、申告数値に何らかの異常性がある事業者や、前回の調査で 重大な修正事項や不備事項がある(改善状況を確認しなければならない)事業者に対して重点的に調査を行う傾向にあります。
調査対象とされる事業者の申告数値には何らかの異常性があります。そこで修正事項の可能性のある企業が調査対象に選定され、調査の結果修正事項が発見されて追徴課 税されるという流れになりますが、全く否認事項のない納税者から、無理やり 追徴課税するようなことはありません。
日程の変更や調査場所についての要望(登記上の本社ではなく事実上の本社で調査を行う)は認めてくれます。しかし基本的には調査受忍義務があるため断れません。なお、調査を不当に逃れた場合には、罰則規定があります。
税務調査は、会社の規模によって異なりますが、国税局調査部(原則として資本金 1 億円以上の会社)又は本店所在地の所轄税務署の調査官により行われます。
一般的には事前に日程等の連絡が会社又は顧問税理士へ来ることになります。ただし、あらかじめ不正を把握している場合等には予告なしで税務調査が行われることもあります。
税務調査が行われる際の事前の準備として、顧問税理士への連絡、日程調整、税務調査を行う場所の確保、社内通知、書類準備・確認、顧問税理士との打合せなどが挙げられます。
会社の概要等の説明が行われ、その後担当者へのヒアリングや関係資料の確認等が行われます。同時に、担当者へのヒアリング等から確認された内容について質問等のやり取りが行われます。
税務調査が終了すると調査官から指摘事項の提示があります。その指摘事項については、税理士とともに内容を検討した上で、必要に応じて修正申告書を提出するなどの対応をすることになります。